L'intensification agroécologique est envisagée comme réponse aux défis conjoints de sécurité alimentaire, résilience climatique et préservation des ressources naturelles auxquels font face les petites exploitations familiales sahéliennes. Dans ce contexte, l'évaluation des pratiques agroécologiques co-conçues avec les agriculteurs demeure peu formalisée, alors qu'elle permet d'établir un dialogue entre chercheurs, techniciens et producteurs.Ce guide, développé dans le cadre du projet FAIR Sahel (Cirad, ISRA, Wageningen University, IRD ; Sénégal, Mali, Burkina Faso), propose une démarche structurée d'évaluation multicritère (EMC) des systèmes de culture agroécologiques, articulée en cinq étapes : définition de l'objectif, délimitation de l'objet évalué (le système de culture), sélection de critères et indicateurs, collecte de données sur dispositifs expérimentaux et chez les agriculteurs, et restitution participative des résultats.Une bibliothèque de 24 indicateurs opérationnels est proposée, couvrant quatre dimensions (agronomique, économique, environnementale et sociale), sélectionnés par un panel de 15 experts pluridisciplinaires puis adaptés localement. Les protocoles Biofunctool® sont mobilisés pour l'évaluation de la santé des sols.L'application au cas d'étude au Sénégal révèle une tension méthodologique centrale entre rigueur scientifique et participation paysanne dans la définition des critères d'évaluation. Nous formulons des recommandations pour concilier objectivité des indicateurs et prise en compte des priorités des agriculteurs, contribuant ainsi à l'outillage méthodologique de la recherche-accompagnement en agroécologie.