FEProgamSenegal/FE2026_Senegal

A beginner-friendly course teaching students in Senegal how to use GitHub, access AWS ParallelCluster, submit HPC jobs with Slurm, and run epidemiological simulations using EMOD. # FE2026 Sénégal — GitHub, AWS HPC et EMOD Cours pratique pour débutants : trouver un logiciel libre sur GitHub, travailler avec Git, se connecter à un cluster AWS ParallelCluster, soumettre des tâches Slurm et exécuter une simulation EMOD de paludisme. ## Résultats d'apprentissage À la fin du cours, l'étudiant pourra : 1. expliquer Git, GitHub, dépôt, commit, branche, clone, pull et push ; 2. cloner et examiner un projet open source sans exécuter aveuglément son code ; 3. se connecter au nœud principal d'un AWS ParallelCluster ; 4. naviguer dans Linux et transférer des fichiers ; 5. demander des ressources et lancer un job avec Slurm ; 6. installer EMOD dans un environnement Python isolé ; 7. lancer, surveiller et documenter une simulation de paludisme ; 8. récupérer les résultats et publier un compte rendu reproductible. ## Parcours recommandé | Module | Sujet | Durée | Production | |---|---|---:|---| | 0 | Préparation | 60 min avant cours | Comptes et accès validés | | 1 | GitHub et logiciel libre | 90 min | Dépôt cloné et licence identifiée | | 2 | Linux et SSH | 120 min | Connexion et fichiers manipulés | | 3 | Git au quotidien | 120 min | Branche, commit et pull request | | 4 | Comprendre le HPC | 90 min | Premier job Slurm | | 5 | AWS ParallelCluster | 120 min | Job soumis et surveillé | | 6 | EMOD et paludisme | 120 min | Environnement EMOD validé | | 7 | EMOD sur le HPC | 180 min | Simulation et résultats | | 8 | Projet final | 180–300 min | Expérience reproductible | Durée totale guidée : environ 16 à 18 heures. Le cours peut être livré en 6 séances de 3 heures. Voir le plan enseignant. ## Démarrage étudiant ```bash git clone github.com cd FE2026_Senegal bash scripts/student_check.sh ``` Commencez par la préparation, puis suivez les leçons dans l'ordre. ## Structure - `lessons/` : contenu guidé ; - `exercises/` : travaux à remettre ; - `solutions/` : corrigés réservés à l'enseignant ; - `slurm/` : scri …