M922-tech/bf-microbiome-reference

Établissement d'un microbiote intestinal de référence pour le Burkina Faso # Microbiote Intestinal de Référence — Burkina Faso **Étudiant :** Marius Zida | **Master Microbiologie** **Directeurs :** Dr. Yves Sere & Nina Gouba **GitHub :** github.com --- ## Objectif Construire un microbiome intestinal de référence pour le Burkina Faso à partir de données métagénomiques publiques. --- ## Datasets | Dataset | Accession | Type | Échantillons | Statut | |---|---|---|---|---| | De Filippo 2010 | ERP000133 | 16S rRNA | 14 enfants BF | ✅ Pipeline 1 complet | | Sonnenburg 2021 | PRJNA690543 | Shotgun | 90 adultes BF | ✅ Pipeline 2 complet | | AWI-Gen 2 BF | PRJNA1157371 | Shotgun | 384 femmes Nanoro | ✅ Pipeline 2 complet | --- ## Pipeline 1 — 16S rRNA ✅ TERMINÉ | Étape | Outil | Résultat | |---|---|---| | Import | QIIME2 | demux_seqs.qza | | Débruitage | DADA2 | trunc=250, max-ee=3.0, ~65% conservés | | Taxonomie | Silva 138 | Bacteroidota dominant, Prevotella abondant | | Diversité | QIIME2 | sampling-depth=6847 | | Fonctions | PICRUSt2 2.6.3 | Glycolyse anaérobie active | --- ## Pipeline 2 — Shotgun métagénomique ✅ TERMINÉ ### État d'avancement | Étape | PRJNA690543 | PRJNA1157371 | |---|---|---| | QC FastQC + MultiQC | ✅ | ✅ 769 rapports | | Trimming (Fastp) | ✅ | ✅ | | Décontamination (Bowtie2 hg38) | ✅ 180/180 | ✅ 768/768 | | MetaPhlAn4 | ✅ 90/90 profils | ✅ 384/384 profils | | HUMAnN3 | 🔜 | 🔜 | ### Paramètres trimming **PRJNA690543** (Phred > 35 dès position 1) : \`\`\` --qualified_quality_phred 20 --unqualified_percent_limit 40 --length_required 50 --detect_adapter_for_pe --correction \`\`\` **PRJNA1157371** (dégradation positions 0-20) : \`\`\` --qualified_quality_phred 20 --unqualified_percent_limit 40 --length_required 50 --trim_front1 20 --trim_front2 20 --detect_adapter_for_pe --correction \`\`\` ### Paramètres MetaPhlAn4 \`\`\` --index mpa_vJan25_CHOCOPhlAnSGB_202503 --subsampling 5000000 --subsampling_seed 42 \`\`\` > Sous-échantillonnage validé par corrélation de Pearson = 0.9996 vs …