Osadio95/AfricaCDC_Dakar2025

Formation en Bio-informatique Africa-CDC Dakar, Juillet 2025 # Antimicrobioresistance – Formation Africa CDC Juillet 2025 ## Table des matières - Workflow - 1) Mise à jour du système - 2) Installer Miniconda - 3) Créer un environnement conda - 4) Installer les outils bioinfo - 5) Contrôle qualité - 6) Correction des reads - 7) Assemblage de novo - 8) Identification de l'espèce - 9) Évaluation de l'assemblage - 10) Détection de la contamination - 11) Évaluation de la complétude - 12) Typage E.coli et Salmonella - 13) Installation de abricate - 14) Recherche avec abricate - 15) Recherche avec ResFinder - 16) Analyse de la MLST - Exercice 1 - 18) Annotation du génome - Commandes avec Docker ---- ## Dossier de travail **Le dossier de travail est accessible grâce au lien ci-dessous :** 🔗 Cliquez pour accéder au dossier sur Google Drive --- ## Workflow --- ## 1) Mise à jour du système ```bash sudo apt update && sudo apt upgrade -y ``` **Explication des commandes :** - **sudo** : permet de donner tous les droits - **apt update** : Met à jour la liste des paquets disponibles - **apt upgrade** : Met à jour les paquets installés s'il existe une nouvelle version --- ## 2) Installer Miniconda **⚠️ UNIQUEMENT POUR PREMIÈRE UTILISATION DE LINUX** ```bash cd ~ wget repo.anaconda.com bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc ``` **Explication des commandes :** - **wget** : Permet de télécharger un fichier grâce à un lien de téléchargement - **bash** : Exécute le script d'installation --- ## 3) Créer un environnement conda ```bash conda create -n amr -c bioconda -c conda-forge -y conda create -n busco -c bioconda -c conda-forge -y conda create -n abricate -c bioconda -c conda-forge -y conda create -n mlst -c bioconda -c conda-forge -y conda create -n seqsero2 -c bioconda -c conda-forge seqsero2=1.3.1 -y ``` **Explication des paramètres :** - **conda create** : Permet de créer un environnement conda - **-n** : donne le nom de l'environnement - **-c** : ajo …