Illamina - a Python3 pipeline for Linux/Ubuntu to perform bacterial genome assembly from Illumina paired-end reads

     ================================================================================    ■ Illumina Assembler ILLAMINA v1.3 ■    ================================================================================    Created: April 16, 2025       Author: Oleg Reva (oleg.reva@up.ac.za)       Centre for Bioinformatics and Computational Biology,       BGM, University of Pretoria, South Africa     📌 Purpose:    Pipeline assembly of Illumina paired-end reads using both de novo and    reference-based approaches.     ⚙️ Dependencies:    ┌──────────────────────────────────────────┐    │ Tool                 │ Minimum Version                                                               ├──────────────────────────────────────────┤    │ Python            │ 3.12.3                   │ BioPython       │ 1.83                      │ SPAdes            │ 3.15.0                    │ Bowtie2           │ 2.4.1                     │ Bcftools           │ 1.19                      │ RagTag            │ 2.1.0                     │ Trimmomatic   │ 0.36                      └──────────────────────────────────────────┘     💻 Tested Environments:    - CentOS Linux 7.3.1611    - Ubuntu 20.04 LTS     🚀 Usage:        python3 illamina.py     🔧 Arguments:        --project_directory    Path to project directory [REQUIRED]        --input_directory      Input directory name (default: 'input')        --output_directory     Output directory name (default: 'output')        --tmp_directory        Temporary files directory (default: 'tmp')        --reference_directory  Reference sequences directory (default: 'refseq')        --reference_file       Reference sequence file name (must be in refseq dir)        --rf_1_ending          R1 file ending (default: '_R1_.fastq.gz')        --rf_2_ending          R2 file ending (default: '_R2_.fastq.gz')     📂 File Requirements:        - Paired-end reads in input/*.fastq.gz        - Reference genome in refseq/SCPM_chr.fasta     🏆 Output:        - Assembled scaffolds and consensus sequences in output     💡 Help Options:        -h, --help            Show this help message        -v, --version         Show version information     ================================================================================    Program code decoration by DeepSeek (chat.deepseek.com)    ================================================================================ The folder 'input' contains a subfolder "example" with two example *.fastq.gz files and the folder 'refseq' has an example.fasta   file to test the program. Run:python3 ~/Illamina/illamina.py --project_directory example --reference_file example.fasta