Investigating innovative approaches and strategies for effective Ebola epidemic control: Case studies from Guinea and the Democratic Republic of the Congo

The African region experiences a disproportionate burden of public health emergencies, with over 90% linked to infectious diseases. This thesis investigates innovative approaches to epidemic preparedness and response, focusing on Ebola Virus Disease (EVD) and leveraging real-world data from Guinea and the Democratic Republic of Congo (DRC). It evaluates early warning systems, community-driven interventions, and health system reforms to enhance outbreak containment. Key findings include the effectiveness of the Early Warning, Alert, and Response System (EWARS) during the 2018–2020 EVD outbreak in the DRC. This decentralised system demonstrated robust sensitivity, specificity, and rapid investigation capabilities, improving epidemic detection and response. The study further highlights the pivotal role of genomic sequencing and targeted interventions in controlling residual transmission clusters during the outbreak's final stages. Community-based strategies emerged as transformative tools for outbreak management. In Beni and Mabalako, community-led contact isolation achieved a significant reduction in transmission, fostering trust and collaboration through culturally sensitive approaches. These findings underscore the importance of integrating local engagement with technical interventions to achieve rapid epidemic control. The thesis also examines factors influencing the reliability of contact tracing, revealing that socio-demographic characteristics, resource allocation, and community trust are critical determinants. Lessons from Guinea’s 2021 EVD outbreak emphasise the need for tailored strategies that address urban and rural dynamics. An examined case of Lassa fever and COVID-19 coinfection during an EVD outbreak in Guinea underscores the necessity of integrated diagnostic systems to manage overlapping health emergencies effectively. Finally, the thesis also explores the impact of investing in preparedness, with a focus on health system reforms in Guinea following the 2014-2016 EVD epidemic. Investments in decentralised early warning systems, workforce capacity-building, and community engagement yielded substantial improvements in outbreak responsiveness. These reforms enhanced the detection and containment of emerging health threats, highlighting the importance of sustained funding and strategic planning. Ultimately, this research advances the understanding of epidemic preparedness, offering practical insights to strengthen health systems and improve responses in resource-limited settings. The findings contribute to global health security efforts, particularly in regions facing recurrent zoonotic disease threats. La région Africaine subit une charge disproportionnée d'urgences de santé publique, dont plus de 90 % sont liées à des maladies infectieuses. Cette thèse étudie des approches innovantes en matière de préparation et de réponse aux épidémies, en se concentrant sur la maladie à virus Ebola (MVE) et en s'appuyant sur des données factuelles provenant de la Guinée et de la République démocratique du Congo (RDC). Elle évalue les systèmes d'alerte précoce, les interventions communautaires et les réformes du système de santé afin d'améliorer le contrôle des épidémies. Les principales conclusions incluent l'efficacité du système d'alerte précoce et de réponse (EWARS) pendant l'épidémie de MVE de 2018-2020 en RDC. Ce système décentralisé s'est révélé très sensible, spécifique et a permis de mener des investigations dans les meilleurs délais, améliorant ainsi la détection et la réponse à l'épidémie. Les résultats de cette thèse mettent également en évidence le rôle central du séquençage génomique et des interventions ciblées dans le contrôle des clusters de transmission résiduels au cours des dernières phases de l'épidémie. Des stratégies communautaires se sont révélées aussi être des outils de transformation pour la gestion des épidémies. À Beni et à Mabalako, l'isolement des contacts au niveau communautaire a considérablement réduit la transmission, tout en favorisant la confiance et la collaboration grâce à des approches empreintes de tact et de respect de la réalité culturelle. Ces résultats soulignent l'importance d'intégrer l'engagement communautaire aux interventions techniques pour parvenir à un contrôle rapide de l'épidémie. Cette thèse examine également les facteurs influençant la fiabilité du suivi des contacts, en démontrant que les caractéristiques sociodémographiques, l'allocation des ressources et la confiance de la communauté sont des facteurs déterminants. Les leçons tirées de l'épidémie de MVE de 2021 en Guinée soulignent la nécessité d'élaborer des stratégies sur mesure qui tiennent compte des dynamiques urbaines et rurales. Une étude de cas de co-infection par la fièvre de Lassa et le COVID-19 au cours d'une épidémie de MVE en Guinée souligne la nécessité de systèmes de diagnostic intégrés pour gérer efficacement les urgences sanitaires qui se chevauchent. Enfin, la thèse explore également l'impact de l'investissement dans la préparation, en mettant l'accent sur les réformes du système de santé en Guinée à la suite de l'épidémie de MVE de 2014-2016. Les investissements dans les systèmes d'alerte précoce décentralisés, dans le renforcement des capacités du personnel et dans l'engagement des communautés ont permis d'améliorer considérablement la réponse aux épidémies. Ces réformes ont permis d'améliorer la détection et le contrôle des menaces sanitaires émergentes, mettant en évidence l'importance d'un financement durable et d'une planification stratégique. Somme toute, cette thèse fait progresser la compréhension de la préparation aux épidémies, en offrant des idées pratiques pour renforcer les systèmes de santé et améliorer les réponses dans les environnements à ressources limitées. Les résultats contribuent ainsi aux efforts de sécurité sanitaire mondiale, en particulier dans les régions confrontées à des menaces récurrentes de zoonoses.