LRASS - Long Read Assembly pipeline

    ================================================================================    ■ LRASS (Long Read Assembler) v1.0 ■    ================================================================================    📅 Created: April 28, 2025    👨‍💻 Author: Oleg Reva (oleg.reva@up.ac.za)       Centre for Bioinformatics and Computational Biology,       BGM, University of Pretoria, South Africa     🔬 Purpose:    Automated pipeline for long read assembly of genomes with one multiple replicons     ⚙️ Dependencies:    ┌─────────────────────    │ Tool              │ Minimum Version      ├─────────────────────    │ Python         │ 3.12.3                         │ NumPy         │ 2.2.4                          │ Pandas         │ 2.2.2                          │ canu             │ 2.2                             │ flye               │ 2.9.3-b1797               │ minimap2     │ 2.28-r1209                │ HTSLIB          │ 1.19                         │   Samtools    │ 1.19.2                    │   Bcftools      │ 1.19                      │   bgzip          │ 1.19                      │   tabix           │ 1.19                     │ RagTag         │ 2.1.0                     └─────────────────────┴     💻 Tested Environments:    - CentOS Linux 7.3.1611    - Ubuntu 20.04 LTS     🚀 Usage:        python3 LRASS.py     ⚡ Required Arguments:        --project_directory    Path to project directory (REQUIRED)        --reference_file       Reference sequence file name (must be in refseq dir)     🔧 Optional Arguments:        --input_directory           Input dir (default: 'input')        --output_directory          Output dir (default: 'output')        --tmp_directory             Temp files dir (default: 'tmp')        --reference_directory       Reference sequences directory (default: 'refseq')        --flye_assembly             Y | N (default: 'N')        --canu_assembly             Y | N (default: 'N')        --contig_length_cutoff      Minimal contig length (default: 500)        --contig_coverage_cutoff    Minimal coverage (default: 30)     📂 Input Requirements:    - Long (PacBio or ONT) reads in: input/*.fastq[.gz]    - Contig reads (optionally) in: input/*.fasta | *.fa | *.fas | *.fst | *.fna    - Reference genome in: refseq/*.fasta | *.fa | *.fas | *.fst | *.fna | *.gbk | *.gb | *.gbf     📊 Output:    - Assembled scaffolds and consensus sequences in output    - Coverage statistics for each reference sequence     🆘 Help Options:        -h, --help            Show this help message        -v, --version         Show version information     ================================================================================