VARCALL (Yersinia Polymorphic Site Caller) v1.5

    ================================================================================    ■ VARCALL (Yersinia Polymorphic Site Caller) v1.5 ■    ================================================================================    📅 Created: May 15, 2025    👨‍💻 Author: Oleg Reva (oleg.reva@up.ac.za)       Centre for Bioinformatics and Computational Biology,       University of Pretoria, South Africa     🔬 Purpose:    Automated pipeline for creation of a 0/1 matrix of polymorphic sites    from Yersinia genome sequences.     ⚙️ Dependencies:    ┌───────────────────┬───────────────────────┐    │ Tool                 │ Minimum Version                                                        │    ├───────────────────┼───────────────────────┤    │ Python            │ 3.12.3                                                                           │    │ BLAST+           │ 2.13.0                                                                           │    └───────────────────┴───────────────────────┘     🚀 Usage:        python3 varcall.py [project_directory] [options]        for example:        python3 varcall.py example     🔧 Options:        --input_directory       Input directory (default: 'input')        --output_directory      Output directory (default: 'output')        --tmp_directory         Temp directory (default: 'tmp')        --mismatch              Allowed mismatch number (default: 6)     📂 Input Requirements:    - GenBank files (*.gbk, *.gbf, *.gb)    - FASTA files (*.fasta, *.fa, *.fst, *.fas)     📊 Output:    - matrix.csv: 0/1 matrix of polymorphic sites    - matrix.fa: FASTA format polymorphic sites     🆘 Help Options:        -h, --help            Show this help        -v, --version         Show version info    ================================================================================